De nieuwe Rotterdamse musea bij de MuseumJeugdUniversiteit zijn het Maritiem Museum Rotterdam, het Historisch Museum en het Natuurhistorisch Museum. In Nijmegen organiseert Museum Het Valkhof een collegereeks.
De in totaal negen musea willen met de MuseumJeugdUniversiteit nieuwsgierige kinderen van 8 tot 12 jaar op een laagdrempelige, maar niet minder serieuze manier kennis laten maken met museumcollecties en wetenschappelijk onderzoek. Dat gebeurt door ze te prikkelen met bijzondere verhalen die de musea als wetenschappelijk instituut kunnen vertellen. Die verhalen geven antwoord op vragen als ‘Waarom bouwden de Egyptenaren piramides?’, ‘Sinds wanneer eten we met mes en vork?’, ‘Waarom vult de tandarts gaatjes?’, ‘Speelden de oude Maya’s ook voetbal?’, ‘Heeft elke piraat een houten been?’ en ‘Dragen echte mannen een rok?’. De sprekers zijn allen wetenschappelijk medewerkers van de musea of gerenommeerde wetenschappers van de grote landelijke universiteiten. Ze vertellen de kinderen wat ze altijd al wilden weten over o.a. de natuur, geschiedenis, kunst en wetenschap. Bij de colleges kunnen kinderen echte museumstukken aanraken en naar hartenlust vragen stellen.